细菌耐药性增加由于奶中抗菌类药物浓度低于有效抑菌或杀菌浓度，使细菌耐药性不断加强，而且很多细菌已由单一耐药发展到多重耐药。机体长期与低剂量药物接触，会导致人体内耐药菌增加，且病原菌的耐药基因可以在人和动物之间互相传递。
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对胃肠道菌群的影响正常人与动物体内寄生着大量菌群，如果长期与动物性食品中残留的抗菌类药物接触，就会抑制或杀灭敏感菌、耐药菌或条件性致病菌，使体内微生物平衡遭到破坏。
过敏反应奶中青霉素、磺胺类药物残留可使对这类药物过敏的食用者发生过敏性反应，英国有过报道，对青霉素高度敏感的人食用有青霉素残留的商品牛奶后发生了过敏反应。
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兽医药理学专家、北京农学院的吴国娟教授，就“有抗奶”对人体造成的危害作了如下分析：
奶中抗菌类药物残留的危害
农业部奶类项目办公室的一位官员解释说：“无抗奶”就是用不含抗菌类药物的原料奶生产出的牛奶。他说，乳房炎是奶牛的高发病，国内外都是用抗菌类药物来治疗，有的甚至直接在牛乳房上注射抗菌类药物。凡经抗菌类药物治疗过的乳牛，其牛乳在一定时期内仍残存着这些药物。联合国食品发展委员会曾经就牛奶中的青霉素、链霉素、四环素、磺胺等抗菌类药物含量作出过规定。
什么是“无抗奶”
这段时间，电视里有广告说：喝奶要喝“无抗奶”，一些媒体也宣称“无抗奶”将重新划分中国奶业格局，国内的一些牛奶品牌也打出了“无抗”的招牌。仿佛一夜之间，“无抗奶”就闯进了中国老百姓的生活，而相当多的人至今也没弄明白什么是“无抗奶”。