营养基因组学是一门研究营养素如何影响基因表达和表型的学科，尽管这个领域已经取得了显著的进展，但仍然存在许多挑战和难点。

营养素与基因之间的相互作用是复杂的，营养素可以直接影响基因的表达，也可以通过调节信号通路间接影响基因的表达，这种复杂的相互作用使得理解营养素如何影响基因表达变得困难。

营养素的效应可能因个体差异而异，每个人的基因组都是独一无二的，这意味着每个人对营养素的反应可能会有所不同，这种个体差异可能由基因变异、环境因素或生活方式等多种因素引起，确定营养素的最佳摄入量需要考虑这些个体差异。

第三，营养素的效应可能需要长期的研究才能确定，营养素的影响可能是累积的，需要长时间的摄入才能显现出来，营养素的影响可能会随着时间的推移而改变，这需要长期的跟踪研究才能发现。

第四，营养素的效应可能与其他因素相互作用，营养素的影响可能与年龄、性别、健康状况、药物使用等因素相互作用，这些相互作用使得确定营养素的效应变得更加复杂。

第五，营养素的效应可能受到环境因素的影响，饮食中的营养素可能受到烹饪方法、食物来源等因素的影响，这些环境因素可能改变营养素的生物利用率，从而影响其效应。

营养素的效应可能受到基因-环境互作的影响，基因-环境互作是指基因和环境因素之间的相互作用，这种相互作用可能改变营养素的效应，使其在不同的环境中表现出不同的效果。

营养基因组学的难点在于理解营养素与基因之间的复杂相互作用，以及这些相互作用如何受到个体差异、时间、其他因素和环境因素的影响，解决这些难点需要跨学科的研究，包括遗传学、生物学、营养学、流行病学等领域的合作。