由于日本在酵素生产所需的食料方面注重有机产品的选用，品质较好，在为促进民众身体健康方面积累了丰富的经验。

真正意义上的酵素制作历史也是近几十年的事，台湾企业最早从单一酵素开始，逐渐向复合酵素过渡。他们最初以二三十种植物原料混合制作发酵液，以后发展至五六十种，甚至一百多种植物混合发酵。负责任的企业对发酵食料非常讲究，大多以有机农业食料为对象，研发的酵素产品以养生保健为目的，注重体力提升、通便排毒和抗衰养颜。经常服用者，即使时间长短不大，大都能收到较好的效果。

由于政府倡导鼓励生物科技，并在政策上予以倾斜，使包括酵素在内的生物科技在台湾进步快速。部分企业在有益菌研发方面走在了世界的前列，在融合了其他先进技术的基础上，使酵素技术更有大幅提升，品质更趋优良。随着一大批医学界、生物学界精英的不断努力研发，酵素品种开发也日趋多元。虽然台湾酵素企业较多，也不泛一些规模较小、生产过程简单、产品品质一般的企业存在，但从总体上已优于日本，产品行销世界各地，部分产品也出口日本，反映普遍良好。