由于生豆浆中含有皂甙胰蛋白酶抑制物和维生素A抑制物，还有豆腥味等。

　　皂甙对消化道黏膜有很强的刺激性，可引起充血肿胀和出血性炎症，出现恶心呕吐腹泻和腹痛等症状，还可抑制蛋白酶致甲状腺肿等毒副作用；胰蛋白酶抑制物本身是一种蛋白质，它能选择性地与胰蛋白酶结合，形成稳定的复合物，从而使胰蛋白酶失去活性，致使蛋白质水解为氨基酸的过程中受到抑制，妨碍膳食中蛋白质的消化吸收和利用，降低豆浆的营养价值；而维生素A抑制物又能氧化并破坏胡萝卜素。

　　另外，生豆浆中含有丰富的蛋白质脂肪和糖类，是微生物生长的理想条件。所以，豆浆必须煮熟烧透。煮豆浆时，还必须将上浮的泡沫除净，再以文火维持煮沸5分钟左右，使其有害物质被彻底分解破坏，微生物被杀死。